Voici donc la ligne de commande:

 grep -rl lemot * | xargs sed -i 's/lemot/nouveaumot/g'

Le grep permet de récupérer les noms de fichiers dans lequel la séquence est trouvée, xargs permet de renvoyer les argument du grep dans la commande sed.
Le sed va donc remplacer 'lemot' par 'nouveaumot' dans tous les fichiers ou 'lemot' a été trouvé, celà même s'il est présent de multiple fois.